茎基腐病在番茄秧苗地上部刚出土表的部位发病，造成茎秆基部缢缩变黑腐烂。拔出病苗根系良好，只是接触地表部分病变。定植后的生长发育期感病除茎基部变褐黑色坏死外，病部以上叶片变黄褐色，逐渐枯死，叶片多残留在枝上不脱落。
高温高湿、多雨、低洼黏重的土壤发病重。种植中平畦定植番茄、大水漫灌，加之使用未腐熟的有机肥，地面感染随水污染秧苗，定植时浇水温差大，夏季气温较高，秧苗长时间在高温污水环境下浸泡和蒸腾造成茎基腐病大发生。其综合防治方法如下：
一、农业防治
1.高垄栽培。高温季节采用高垄栽培，浇水可以避免井水的冷刺激，井水从沟中浸水到垄上水温已经缓和了许多温差，不会造成秧苗茎秆基部的温度剧烈刺激，降低幼苗的抗病性，也不会受浸泡的干扰而感病。
2.把好浇水时间。定植早晨早浇水。越夏种植的番茄，一般定植时间多在7月下旬或8月初。此时的天气温度正值北方的高温盛夏季节，棚室的温度有时可高达60℃左右，低温也在50℃左右，抽上来的井水温度一般在15℃左右，中午浇水会对定植的秧苗在大于40℃土壤环境里直接冷刺激，给本已处于缓苗期的秧苗更大的伤害，病菌就会乘虚而入。因此越夏栽培的浇水可尽量在清晨进行，以减少温差。早春栽培的应尽可能的棚内晒水提温后再浇苗。
3.基肥深施入土。将腐熟好的有机肥与秸秆等一起深施入土、耙好，不要让有机肥，尤其是没有腐熟好的圈肥暴露在土壤表层，它会因高温产生有害气体，对秧苗造成危害和污染。
4.清除病残体，及时排水。
二、药剂防治
1.营养土消毒。取大田土与腐熟的有机肥按6∶4混匀，并按每立方米床土加入68%金甲霜灵锰锌水分散粒剂100克和2.5%咯菌腈100毫升拌土一起过筛混匀。用这样的土装入营养钵，也可在种子包衣播种覆土后用600倍液的金甲霜灵锰锌药液进行土壤封闭。
2.移栽前淋灌或浸盘。在移栽田间前应对定植苗进行预防用药，对苗盘育苗的番茄可以用配好的68%金甲霜灵锰锌水分散粒剂600倍液进行浸盘浸根防治。即将配好的药液放置在一个大盆或开放的方形容器里，将苗盘放置盆中浸泡，以药液浸透为宜，即充分吸取药液后即可移栽。
3.定植前的地面药剂处理。定植田土壤也要消毒，用68%金甲霜灵锰锌水分散粒剂500倍液、72%霜脲锰锌可湿性粉剂800倍液、25%双炔酰菌胺悬浮剂1000倍液、72.2%霜霉威水剂600倍液或66.8%霉多克可湿性粉剂等喷雾或淋灌。对定植田间的定植穴坑进行土壤表面喷施，而后定植秧苗。
4.发病后的救治。可选用68%金甲霜灵锰锌水分散粒剂600倍液，或68.75%氟吡菌胺·霜霉威悬浮剂800倍液+25%嘧菌酯悬浮剂3000倍液淋喷植株。
