有机肥施用量不足。随着农村条件的改善，农民积造农家肥的积极性降低，养殖业逐渐由农户分散饲养转为规模化饲养，农户畜禽粪肥数量减少，而规模化饲养畜禽粪便资源化利用率不高，致使有机肥施用量不足。
化肥施用结构不合理。不少农户盲目施肥现象较为严重，造成无效分蘖增加，茎秆细弱，抗倒、抗寒、抗病能力下降，常常遭受冬季冻害和春季倒春寒危害，中后期病虫害加重，易倒伏，从而影响产量。
秸秆还田不增施氮肥。秸秆还田是解决有机肥不足的有效措施，但不少农户对该技术掌握不到位，秸秆还田后不增施氮肥。
施肥方式不合理。冬小麦产区部分低产田或土壤贫瘠区域存在 “一炮轰”的施肥方式，即整地播种期，一次把全部化肥施入土壤，生育期不再追肥。
追肥时期不当。大部分冬麦区春季追肥在返青期进行，早春正是小麦春季分蘖和基部节间伸长的关键时期，追肥过早，常常会造成无效分蘖过多，麦田群体过大，茎秆细弱，基部节间过长；还会造成小麦生长中后期田间郁闭，通风透光不良，白粉病等病害加重，导致后期易倒伏而影响小麦的产量和品质。
新型肥料盲目施用。有一部分科技含量不高且过度炒作，致使农民认识不清，在投肥方向不明、施用方法不清的情况下盲目施用，造成减产和经济损失。
